MODFLOW es un modelo tridimensional de agua subterránea mediante el método de las diferencias finitas. Tiene una estructura modular que permite una rápida y fácil modificación de la misma para adaptar el modelo a cualquier aplicación real.

MODFLOW permite simulaciones tanto en régimen constante como en régimen irregular. La naturaleza del acuífero puede ser libre, confinada o semiconfinada. El flujo generado puede provenir de bombeos desde puntos externos o internos al modelo, pozos de recarga, recarga superficial, evapotranspiración, etc.

Se pueden definir cada uno de los parámetros que forman el modelo. Las transmisividades hidráulicas pueden definirse para cada capa y diferenciarse espacialmente, pudiéndose ser anisotrópica (restringido ateniendo a las direcciones principales alineadas con la rejilla). El coeficiente de almacenaje puede ser heterogéneo. Además de simular el flujo de agua subterránea, MODFLOW puede incorporar capacidades relacionadas, por ejemplo, con transporte del soluto y la gestión del agua subterránea.

La ecuación de flujo del agua subterránea se soluciona usando el metodo de aproximación por diferencias finitas. La región del flujo se subdivide en celdas, en las cuales las características medias se asumen para ser uniformes. Las celdas se distribuyen mediante rejilla. Esto permite que las capas del modelo puedan tener un espesor diferente. La ecuación de flujo se escribe para cada bloque, lo que permite una total adaptación al caso real modelizado.